重庆市畜牧科学院是国家生猪技术创新中心牵头建设单位，是国家现代畜牧业科技创新中心、国际合作中心和高级科技人才培养基地。宗旨是开展畜牧科学研究、促进畜牧业发展；职责任务是开展动物遗传育种与繁殖技术研究、动物营养与饲料科学研究、兽医与兽药科学研究、畜产品贮藏与加工技术研究、畜牧养殖环境与工程技术研究、牧草育种与草地生态研究，承担畜牧业科技成果转化工作，开展畜牧科技合作与交流等。畜科院设有内设机构25个，其中研究所12个；有在职职工500余人；先后承担各级各类科研项目1600余项 。

重庆市畜牧科学院建有国家生猪技术创新中心、动物转基因国际联合研究中心、动物环境与福利化养殖国际研究中心、猪品种遗传改良国家地方联合工程实验室、农业农村部养猪科学重点实验室、人社部博士后科研工作站等公共研发平台和试验基地等76个。现有养猪、动物营养、经济动物、食品加工、草食牲畜、家禽、兽医、畜牧工程、蚕业、畜禽疫病与兽药等12个研究所，与地方政府联合组建了17个分院（所）和4个研发机构。